Lothar rallia les restes des armées d’Azeroth après leur défaite de Stormwind, et lancèrent un exode massif, par mer, jusqu’au royaume septentrional de Lordaeron. Convaincus que la Horde submergerait tout l’humanité si rien n’était fait, les chefs des sept nations humaines se rencontrèrent et décidèrent de s’unifier pour former l’Alliance de Lordaeron.
Pour la première fois en presque trois mille ans, les nations disparates d’Arathor s’unifiaient de nouveau sous une bannière unique. Nommé commandant suprême des forces de l’Alliance, Lothar prépara ses armées à la venue de la Horde.
Aidés par ses lieutenants, Uther Lightbringer, l’amiral Dealin Proudmoore et Turalyon , Lothar parvint à convaincre les races mi-humaines de Lordaeron de la menace qui pointait à l’horizon. L’Alliance parvint à obtenir l’aide des nains stoïques d’Ironforge et d’un petit nombre de hauts-elfes de Quel’Thalas.
Les elfes, dont le chef était alors Anasterian Sunstrider, se désintéressaient profondément du conflit en cours. Mais le sens du devoir les liait à Lothar, descendant de la lignée des Arathi qui les avaient sauvés des siècles plus tôt.
La Horde, menée désormais par le chef Doomhammer, fit venir des orcs de Draenor et enrôla les trolls des forêts d’Amani. Elle lança ensuite une vaste campagne pour s’emparer du royaume nain de Khaz Modan et des rivages méridionaux de Lordaeron. Toute opposition était anéantie.
Les combats épiques de la Seconde Guerre incluaient des engagements aériens aussi bien que de vastes batailles navales. La Horde avait, d’une manière ou d’une autre, déterré une puissante relique nommée l’Ame Démoniaque, et l’avait utilisée pour réduire en esclavage la reine des dragons, Alexstrasza. Menaçant de détruire ses précieux œufs, la Horde força Alexstrasza à envoyer sa progéniture adulte au combat. Les nobles dragons rouges furent contraints de se battre pour la Horde, et ils le firent bien.
La guerre faisait rage sur les continents de Khaz Modan, Lordaeron et sur Azeroth. Au nord, la Horde parvint à ravager les terres frontalières de Quel’Thalas, ce qui renforça la décision des elfes de rejoindre l’Alliance. Les grandes villes et les cotés de Lordaeron furent rasées et dévastées par le conflit. Malgré l’absence de renforts et bien que les chances ne fussent pas de leur côté, Lothar et ses alliés parvinrent à arrêter la progression de l’ennemi.
Lors des derniers jours de la Seconde Guerre, quand la victoire de la Horde sur l’Alliance semblait inéluctable, deux des plus puissants orcs d’Azeroth s’affrontèrent. Tandis que Doomhammer préparait l’assaut final contre Lordaeron, une bataille qui aurait écrasé les derniers restes de l’Alliance, Gul’dan et les clans renégats abandonnèrent leurs postes et prirent la mer.
Doomhammer, ayant perdu près de la moitié de ses forces en raison de la trahison de Gul’dan, fut contraint de battre en retraite et laissa passer sa chance d’écraser l’Alliance.
Gul’dan, assoiffé de puissance et obsédé par l’obtention de la divinité, parti à la recherche de la tombe sous-marine de Sargeras, dont il pensait qu’elle détenait les secrets de la puissance ultime. Ayant déjà condamné ses frères orcs à devenir les esclaves de la Légion Ardente, Gul’dan ne se voyait aucun devoir à remplir auprès de Doomhammer.
Soutenu par les puissants clans Stormreaver et Twilight’s Hammer, Gul’dan parvint à découvrir la tombe de Sargeras au fond des mers. Mais quand il ouvrit la crypte immergée, il n’y trouva que les démons qui l’attendaient.
Ivre de vengeance, Doomhammer envoya ses forces tuer Gul’dan et ramener les renégats dans son armée. Mais Gul’dan avait déjà payer sa témérité de sa vie, déchiqueté par les démons qu’il avait libérés. Leur chef mort, les clans renégats tombèrent rapidement sous les coups des légions de Doomhammer.
La rébellion avait été étouffée, mais la Horde ne pouvait se remettre des terribles pertes qu’elle venait de subir. La trahison de Gul’ dan avait donné à l’Alliance non seulement un nouvel espoir, mais aussi le temps de se regrouper et de riposter.
Le seigneur Lothar, voyant que la Horde était divisée, rassembla toutes ses troupes et repoussa la Horde vers le sud, jusqu’au cœur dévasté de la patrie des orcs, Azeroth. A leur tour, les forces de l’Alliance avaient piégé la Horde, dans la forteresse volcanique de Blackrock. Le seigneur Lothar fut tué lors de la bataille qui s’ensuivit, mais son lieutenant, Turalyon, parvint à rallier les troupes de l’Alliance au dernier moment et repoussa les dernières forces de la Horde dans le Marais des Lamentations.
Les armées de Turalyon parvinrent également à détruire le Portail Démoniaque, qui reliait les orcs à leur monde natal, Draenor. Sans renforts de Draenor et décimée par les combats, la Horde fut finalement encerclée et écrasée par l’Alliance.
Les clans décimés et éparpillés furent rassemblés et placés dans des camps gardés, sortes de réserves dont ils ne pouvaient sortir. La Horde semblait définitivement vaincue, mais beaucoup pensaient que la paix ne durerait pas. Khadgar, archimage désormais renommé, parvint à convaincre le haut commandement de l’Alliance de bâtir la forteresse de Nethergarde pour surveiller les ruines du Portail Démoniaque et s’assurer que plus aucune invasion ne pourrait provenir de Draenor.
